Варна е център на Св. св. Варненска и Велико преславска митрополия, съставна част от Българската православна църква. Нейн духовен глава е Негово високопреосвещенство митрополит Кирил. Освен православното изповедание, което е основно за Варна, на територията на общината съществуват и други вероизповедания, съставящи заедно с първото единната духовна общност на населението от региона.

На територията на община Варна функционират следните духовни общности и църкви:

• Католическа никополска епархия със седалище Русе
• Мюсюлманско джамийско настоятелство
• Общество “Бяло братство”
• Арменска апостолическа и православна църква
• Арменска евангелска методистка църква
• Евангелистка методистка епископска църква